No modo Quiosque utilizado com Grupo Econômico habilitado, o comprovante de registro de ponto exibe os CNPJs de todas as empresas do grupo?

Não, ele segue a mesma lógica do Rep-C. Quando empresas fazem parte do mesmo Grupo Econômico e utilizam o mesmo REP/Quiosque, o equipamento fica configurado com um único CNPJ (da empresa matriz) e os comprovantes de registro de ponto gerados sairão com os dados (incluindo CNPJ) da empresa matriz, não separados por empregador individual.