Caso deseje que minutos de extras que estejam dentro da tolerância, sejam exibidos no cálculo das horas normais do dia, é necessário que algumas configurações dentro do cadastro da jornada sejam alteradas. Em parâmetros a opção de Jornada Flexível precisa estar como NÃO e a opção Incluir tolerância de hora extra nas horas normais precisa estar como SIM.
No exemplo abaixo, a jornada do funcionário tem uma carga diária de 08:00 diárias, com tolerância de horas extras de 10 minutos. No dia em questão, ele chegou 06 minutos antes da primeiro registro de ponto do dia.
Com a seguinte configuração

Os 6 minutos de horas extras que estão dentro da tolerância não serão acrescidos no total de horas normais:

Porém, se for necessário que esses minutos sejam acrescidos, então é necessário alterar a configuração da jornada para o seguinte modo:

E então o cálculo será exibido dessa forma:

Obs.: Se a opção de Jornada Flexível estiver como Diária, Semanal ou Mensal, a opção de Incluir tolerância de hora extra nas horas normais não será exibida.