Sim, no relatório de frequência é possível habilitar essa funcionalidade. Para isso é necessário acessar o menu “Cadastros> Configurações” e acessar a aba “Relatórios” em seguida na opção “Exibir compensação de horas no relatório de frequência” marcar como “Sim”:

Após habilitado o relatório de frequência é apresentado da seguinte maneira:
