Para incluir um horário de almoço sem o registro é utilizado as marcações pré-assinalada é um sistema legal, previsto no § 2º do art. 74 da CLT, que permite às empresas com mais de 20 funcionários registrar automaticamente o intervalo intrajornada (almoço/descanso). Sendo da seguinte forma:
Cadastros > Jornadas, clicar em +Adicionar irá criar a jornada e habilitar

Estas marcações são geradas pelo usuário do TopPonto, por meio da opção “Gerar Pré-Assinaladas” na tela “Manutenção de Marcações”.

Mais informações e detalhes em: Cadastro de Jornadas · Suporte TopPonto